材质的不同：玻璃钢负压风机是玻璃钢外壳的，耐用，耐腐蚀；普通负压风机是镀锌板外壳的容易生锈腐蚀。使用场合不同：玻璃钢负压风机可以使用在有腐蚀的场合；普通镀锌板负压风机不能。电机质量不同：玻璃钢负压风机采用的是永持直流无刷电机，质量好；普通负压风机一般是4p电机。价格不同：玻璃钢负压风机，以欧镨斯研发的采用永持直流无刷电机的玻璃钢负压风机为例，价格一般是普通镀锌板负压风机的2.5倍。价格虽然比较贵，但是玻璃钢负压风机的使用寿命上比普通镀锌板负压风机长好多年，而且也更节能省电。综合考虑，企业选择负压风机时候，还是首选玻璃钢负压风机来的经济划算。
